Вам нужно сделать документ "Корректировка записей регистров накопления", в котором выбрать регистры "Взаиморасчеты сотрудников организаций" и "Зарплата за месяц организаций" и заполнить их. Долг за сотрудником - "расход", долг за организацией - "приход". Суммы везде положительные.