В разделе Покупки и продажи есть документ реализация (акты, накладные). Я закрываю документ один раз, когда выполнены работы. Если выставляется несколько счетов, то указываю последний. Проходило все нормально. Счетов-фактур я не касаюсь, но в этом же разделе есть документ счета-фактуры выданные.