Здравствуйте! Вопрос задан давно, и возможно уже решен, но мой ответ может быть поможет тем кто столкнулся с подобной проблемой. Сначала необходимо найти дату когда было задвоение, т.е. на вкладке "налоги" в документе "Регистр налогового учета по НДФЛ" можно последовательно по годам в 4 разделе посмотреть сколько начислено и сколько удержано по каждому сотруднику. Там табличка "удержано налога" и в ней стоят суммы и даты, тут же ниже видно есть ли излишне удержанный налог или нет. После того как нашли, когда задвоилось идем "Операции", "Регистр Накопления", "НДФЛ расчеты с бюджетом". В открывшемся документе с плюсами показаны начисления, с минусами удержания. Ищете дату по удержаниям когда у вас было задвоение и два раза кликаете по строчке с лишними данными. У Вас откроется документ (в моем случае "зарплата к выплате", в разных случаях возможно по-разному) и его нужно перезаполнить и провести. Проверяем что все в порядке или Регистром налогового учета по НДФЛ или справкой 2-НДФЛ (так по-моему быстрее). Надеюсь кому-нибудь поможет.